La extinción de hábitats y la consecuente pérdida de especies es causada por actividades como la deforestación de las cabeceras de los ríos que incrementa el flujo de sedimentos, las quemas y talas de los bosques ribereños, la contaminación por vertimiento de residuos y aguas residuales; las obras hidráulicas mal diseñadas y el dragado y desecación para obtener tierras para ganadería y vivienda. El problema es de tal magnitud que en algunas ciénagas, como las del sur del Cesar, las tasas de sedimentación promedio anual son de 3 cm por año, cuando el promedio normal debería ser del orden de 0,1 a 0,2 cm.
Especies vegetales de las riberas de las ciénagas, como la palma estera se encuentran En Peligro Crítico y el algarrobo, el caracolí, el laurel, el abarco, el guayacán y la zanca de mula están catalogadas como Vulnerables; de las especies acuáticas como el junco, el sombrerito de agua, el barbasco y el coquito no se tiene registro de su estado de conservación; sin embargo, algunas plantas invasoras, como el buchón y la lenteja de agua, pueden alterar las condiciones de luz y el balance de nutrientes del agua, con lo que se afectan no sólo estas especies, sino muchos peces e invertebrados.
Las aves tienen el mayor grado de amenaza, debido a la desaparición de su hábitat; entre las clasificadas como Vulnerables se encuentran la chauna chavaría, la guacamaya verde, el coclí y el garzón soldado. De los mamíferos, el mono aullador negro, la nutria de río, el manatí, el oso perezoso y el chigüiro están En Peligro.
En cuanto a los reptiles, las serpientes que son fundamentales en el control de roedores, se encuentran En Peligro Crítico debido a que son cazadas o comercializadas, por el desconocimiento de su valor ecológico. Especies de tortugas: la morrocoy está clasificada En Peligro Crítico, la estuche o escorpión como Vulnerable y la hicotea y la carranchina que es endémica de Colombia, están Casi Amenazadas.
El régimen hídrico de las ciénagas, determinante para los peces migratorios, al ser modificado causó la reducción de poblaciones de peces como el bocachico —En Peligro Crítico—, la mazorca y la pacora, catalogados como Vulnerables y el blanquillo que se encuentra En Peligro.
Fuente: Ecolibro Colombia Naturaleza en Riesgo
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